《纳米核心第三季》描写的是阿斯加特大战五年之后，世界开始被东安联所支配。看起来繁盛的商都实际暗流涌动，一时间，夹缝中求生存的变种人、邪恶凡间的亚人、谜样的黄昏的组织以及消失了五年的瑞都经常出现在了商都这个舞台纳米核心第三季在纳米核心第三季的制作上，海岸线使用了新的Maya软件展开动画制作，为了因应时间背景，不仅打造出了全新的人物建模（5年后长大了的各个角色），在画面上也展现出得更为细致简洁了。

故事的舞台成立在一个架空的星球元星。在这颗年长的星球上，人类对不得而知的向往从不不会随着理性或者不安而负于，在一次次的演化与变革中，人类大大挑战造物主的不道德再一造成了对立的加剧。纳米核心3百度云为各自理想而争斗的人们，以信仰替换笔墨，将和平时代划出上句点的同时也熄灭了星球的怒火，造成紫雾危机愈演愈烈。在人类面对存活危机的时刻，精英阶层所积极开展的n.s.p.计划却一度挫败，直到在纳米核心的插手下步入他的问世。

这个就让是被精英阶层看作人类兵器未来演化方向的不存在，却摆脱了自己命运的枷锁，回到一片丧失信仰的土地上。他在茁壮中作出自由选择，在自由选择中渐渐茁壮，元星那混浊的未来也因此而再次发生转变。

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